В сентябре 1990 года был создан Азербайджанский независимый профсоюз работников предпринимательства, а в марте 1991 года — Азербайджанский независимый профсоюз работников науки, научно-производственных и частных предприятий. Позднее, в апреле 1997 года, по рекомендации Конфедерации профсоюзов Азербайджана два этих профсоюза объединились в единую организацию.
На внеочередной конференции, состоявшейся 26 ноября 1997 года, был утвержден новый Устав, и организация была перерегистрирована в Министерстве юстиции. С этого момента она начала свою деятельность под названием «Азербайджанский независимый профсоюз работников предпринимательства и науки, научных работников и производственных предприятий». В 2016 году к этой организации присоединился Профсоюз работников легкой промышленности.
Отраслевой профсоюз осуществляет свою деятельность в соответствии с действующим законодательством Азербайджанской Республики, в том числе с Законом Азербайджанской Республики «О профессиональных союзах». Профсоюз создается на основе закона, решений и рекомендаций Конфедерации профсоюзов Азербайджана (AHIK), а также собственного Устава.
Отраслевая профсоюзная организация представляет работников финансово-хозяйственной деятельности, предпринимательства и науки, научно-производственных, малых, совместных, арендных и инновационных предприятий, компаний, объединений, корпораций, акционерных обществ, советов, союзов, частных высших и средних учебных заведений. школы, а также работники некоммерческих организаций без образования юридического лица. — независимая, неполитическая общественная организация, объединяющая на добровольных началах всех лиц, осуществляющих предпринимательскую деятельность.
Согласно уставу, высшим органом первичных организаций, а также на региональном и национальном уровнях является съезд. Комитет объединяет 625 профсоюзных организаций, в том числе 4 объединенных профсоюза, 52 городских и районных комитета и насчитывает 27 776 членов.
