1921-ci il dekabr ayının 4-də Naxçıvanda həmkarlar ittifaqının yaradılması regionun ictimai və siyasi həyatında mühüm rol oynamışdır. Həmin dövrdə təşkilat 3 vilayət həmkarlar ittifaqı komitəsini, 27 şəhər və rayon komitəsini, 3 birləşmiş həmkarlar ittifaqı komitəsini, 400-dək ilk həmkarlar ittifaqları komitələrini öz ətrafında birləşdirmişdir.
Ötən əsrin 50 –ci illərindən etibarən Naxçıvan Muxtar Respublikası Həmkarlar İttifaqlarının həyatında mühüm dəyişikliklər baş vermişdir. Bu dövrdən başlayaraq ittifaq komitələrinin sahələr üzrə formalaşması bir tərəfdən hərəkatın ilk təşkilatlara daha da yaxınlaşmasına imkan yaradırdısa, ikinci tərəfdən genişlənməkdə olan böyük bir hərəkatın mərkəzləşmiş qaydada idarə olinmasını tələb edirdi.
Bütün bunlar nəzərə alınaraq 1967-ci il noyabrın 17-də keçirilən təsis konfransında Naxçıvan Vilayət Həmkarlar İttifaqları Şurası təşkil olunmuş, Muxtar Respublikada həmkarlar ittifaqlarının fəaliyyətindəki pərakəndəliyə son qoyulmuşdur. Həmin dövrdə ittifaq üzvlərinin sayı 31 min nəfər təşkil edirdi.
Naxçıvan Vilayət Həmkarlar İttifaqları Şurasının fəaliyyəti ümummilli lider Heydər Əliyevin Azərbaycana rəhbərliyinin ilk dövrlərində daha da güclənmişdir. Ulu öndərin təşəbbüsü ilə Muxtar Respublika Həmkarlar İttifaqları Şurasının yeni binası tikilərək 1974 – cü ildə istifadəyə verilmişdir.
Vilayət Həmkarlar İttifaqı Şurasının ali orqanı 5 ildə bir dəfə çağırılan konfransdır. Konfranslararası dövrdə rəhbər orqan Məclisdir. Məclislərarası dövrdə ali icraedici orqan Şuranın Rəyasət Heyətidir.
Ölkəmiz ötən əsrin 90-cı illərində müstəqillik əldə etdikdən sonra həmkarlar ittifaqlarının tarixində yeni mərhələ başlanmışdır.
Naxçıvan Həmkarlar İttifaqı bu gün də cəmiyyətin inkişafı, sosial-iqtisadi mühitin formalaşması, vətəndaşların məişət problemlərinin həll olunması, əmək şəraitinin daha da yaxşılaşdırilmasında öz səylərini artırır, işçilərin əmək və sosial qayğılarını daim diqqət mərkəzində saxlayır. Naxçıvan Həmkarlar İttifaqları Şurası 70814 üzvü, 1250 ilk təşkilatı, 6 muxtar respublika və 10 birləşmiş rayon və şəhər komitələrini birləşdirir.
2008-ci ildə Naxçıvan Muxtar Respublikası Həmkarlar İttifaqları Şurasının inzibati binası əsaslı şəkildə bərpa olunmuşdur. Həmin ilin aprel ayının 9-da Naxçıvan Muxtar Respublikası Həmkarlar İttifaqları Şurasının 40 illik yubileyinin keçirilməsi haqqında Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisi Sədrinin Sərəncamı olmuşdur. Yubiley 2008 – ci il aprel ayının 28-də keçirilmişdir. Həmin vaxt bir sıra ittifaq üzvləri Azərbaycan Respublikasının orden və medalları və fəxri adları ilə təltif olunmuşlar.