Xəzər dənizçiləri həmkarlar ittifaqının əsası 1906-cı ildə «Dənizçilərin həmkarlar cəmiyyəti» adı ilə yaradılmışdır.
Azərbaycan Dəniz Nəqliyyatı İşçiləri Müstəqil Həmkarlar İttifaqı 12.03.1993-cü il tarixdə Ədliyyə Nazirliyində dövlət qeydiyyatına alınmış Azərbaycan Su Nəqliyyatı İşçiləri Həmkarlar İttifaqının hüquqi varisidir.
Azərbaycan Dəniz Nəqliyyatı İşçiləri Müstəqil Həmkarlar İttifaqı Azərbaycan Dövlət Xəzər Dəniz Gəmiçiliyinin və Bakı Beynəlxalq Dəniz Ticarət Limanı həmkarlar ittifaqı təşkilatlarını öz ətrafında birləşdirir.
Həmkarlar ittifaqı 7634 üzv və 17 ilk həmkarlar ittifaqı təşkilatını özündə birləşdirir.
Həmkarlar ittifaqının ali orqanı beş ildən bir çağırılan qurultaydır. Azərbaycan Dəniz Nəqliyyatı İşçiləri Müstəqil
Həmkarlar İttifaqının sonuncu qurultayı 3 oktyabr 2012-ci il tarixdə keçirilmişdir.
Qurultaylararası dövrdə rəhbər orqan ildə bir dəfədən az olmayaraq çağırılan respublika komitəsinin plenumudur. Plenumlararası dövrdə isə Rəyasət Heyətidir.
Sahənin bütün müəssisə və təşkilatlarında istehsalat məsələləri ilə yanaşı, işçilərin sosial problemlərinin həlli işəgötürən və həmkarlar ittifaqı komitələri arasında bağlanan kollektiv müqavilə ilə tənzimlənir.
Dəniz Nəqliyyatı İşçiləri Müstəqil Həmkarlar İttifaqı Respublika Komitəsinin sahə xidmətinə daxil olan Gəmiçiliyin idarə və müəssisələrində, eyni zamanda Bakı Beynəlxalq Dəniz Ticarət Limanında işəgötürənlə həmkarlar ittifaqı komitəsi arasında kollektiv müqavilə bağlanmışdır. Bununla yanaşı Azərbaycan Dövlət Xəzər Dəniz Gəmiçiliyi və Azərbaycan Dəniz Nəqliyyatı İşçiləri Müstəqil Həmkarlar İttifaqı Respublika Komitəsi arasında Sahə (Tarif) Saziş imzalanmışdır.
Respublika Komitəsi 1992-ci ildən Nəqliyyatçıların Beynəlxalq Federasiyasının və Beynəlxalq Su Nəqliyyatı İşçiləri Həmkarlar İttifaqları Konfederasiyasının üzvüdür.