Azərbaycanda həmkarlar ittifaqları ilk dəfə 1905-ci il oktyabrın 17-də Bakıda konka fəhlə və qulluqçuları tərəfindən yaradılıb. Noyabr ayında isə mətbəə işçiləri həmkarlar ittifaqında birləşiblər. Həmin dövrdə kontor qulluqçuları, şəhər, mədən qulluqçuları, ticarət gəmiçiliyi qulluqçularının xırda həmkarlar ittifaqları da mövcud idi. 1905-ci ilin sonunda Bakıda "İttifaqların ittifaqı bürosu” yaradıldı.
1906-ci il martın 4-də həmkarlar ittifaqı haqqında xüsusi qanun - "Ticarət və sənaye müəssisələrində şəxslər və ya bu müəssisələrin sahibləri üçün təsis edilmiş həmkarlar cəmiyyətləri haqqında müvəqqəti qayda" qəbul edildi. Bu qanun həmkarlar ittifaqlarına nizamnamələri müəssisə rəhbərliyi tərəfindən tanınmaqla leqal fəaliyyət göstərmək imkanı verirdi.
Sovet hakimiyyəti illərində də Azərbaycanın ictimai-siyasi həyatında həmkarlar ittifaqlarının mövqeyi və fəaliyyəti mühüm əhəmiyyət kəsb edirdi. Amma daha çox sovet ideologiyasının nüfuz qazanmasına xidmət etməyə, kommunist-bolşevik ideyalarının təbliğinə istiqamətləndirildi. 
Ulu Öndər Heydər Əliyev Azərbaycanda rəhbər işlədiyi dövrdə (1969-1982-ci illər) həmkarlar ittifaqlarını daim dəstəkləmiş, dayaq olmuş, müdrik məsləhət və öyüdlərini onlardan əsirgəməmişdir. Məhz Ulu Öndərin respublikaya rəhbərliyi dövründə həmkarlar ittifaqları uzaqlaşdığı təməl prinsiplərinə yenidən dönməyə başladı, sıralar genişləndi. Əsas diqqət əməkçilərin həyat şəraitinin yaxşılaşdırılmasına, onların hüquqlarının artırılmasına və müdafiəsinə, istirahətlərinin təşkilinə və sağlamlıqlarının qorunması istiqamətində tədbirlərə yönəldildi. İstirahət mərkəzi və sanatoriyaların sayı artırıldı, yeni uşaq düşərgələri yaradıldı.
Demək olar ki, həmkarlar ittifaqları ictimai həyatın bir çox sahələrini əhatə etməklə təyinatından asılı olmayaraq bütün müəssisələrdə fəaliyyət göstərirdi. Bu da insanların əmək hüquqlarının qorunması ilə yanaşı, onların birləşməsində, sosiallaşmasında da mühüm əhəmiyyətə malik idi. 
Müstəqilliyin ilk vaxtlarında bütün sahələri bürüyən böhran ictimai təşkilatların fəaliyyətinə də mənfi təsir etmişdi. İstehsal müəssisələrinin, zavodların, fabriklərin fəaliyyətini dayandırması, işsizliyin artması, o cümlədən ölkənin ictimai-siyasi həyatında hökm sürən gərginlik ən böyük və kütləvi təşkilat olan həmkarlar ittifaqlarının fəaliyyətinin miqyasını və keyfiyyətini aşağı salmış, sosial bazasını zəiflətmişdi. Mövcud şərait həmkarlar ittifaqlarında islahatların aparılmasını zərurətə çevirmişdi. 1992-ci ildə Azərbaycan Həmkarlar İttifaqları Şurasına daxil olan 6 həmkarlar ittifaqı - Elektrik Stansiyaları və Elektrotexnika, Avtonəqliyyat və Yol Təsərrüfatı, Rabitə, Sahibkarlıq, Aviasiya və İnşaat Kompleksi İşçiləri həmkarlar ittifaqları bu qurumun fəaliyyəti ilə razı olmadıqlarını bəyan etdilər və növbədənkənar qurultay çağırmaq təşəbbüsünü qaldırdılar. 

1993-cü il fevralın 5-də keçirilən təsis qurultayında Azərbaycan Həmkarlar İttifaqları Şurası özünü buraxaraq səlahiyyətlərini konfederativ tipli Azərbaycan Həmkarlar İttifaqları Konfederasiyasına ötürdü.
1993-cü ildə Ulu Öndər Heydər Əliyevin xalqın tələbi əsasında yenidən ölkə rəhbərliyinə gəlməsi ilə bütün sahələrdə olduğu kimi, ictimai təşkilatların, o cümlədən həmkarlar ittifaqlarının da həyatında köklü dəyişikliklər baş verdi. Həmkarlar ittifaqları ictimai təşkilat olaraq Ulu Öndərin xilaskarlıq missiyasını dəstəkləyərək əmək adamlarının sosial, iqtisadi və mədəni həyatının, rifah halının yaxşılaşdırılması, hüquqlarının qorunması, həmçinin ölkənin bütövlüyü, ictimai-siyasi, sosial-iqtisadi böhranın aradan qaldırılması üçün öz funksiyaları və səlahiyyətləri çərçivəsində səylə çalışırdı.
1994-cü ildə Ümummilli Liderin şəxsi təşəbbüsü və nəzarəti altında keçmiş postsovet məkanında ilk dəfə olaraq Azərbaycanda “Həmkarlar ittifaqları haqqında” qanun qəbul edildi. Beləliklə, qurumun cəmiyyətdəki fəaliyyətinin yeni prinsiplər əsasında tənzimlənməsi və vətəndaşlarımızın sosial-iqtisadi mənafelərinin qorunmasında fəal iştirakı üçün hüquqi baza yaranmış oldu.
Bununla da istər Milli Məclisdə, istərsə də Nazirlər Kabinetində əhalinin sosial-iqtisadi problemlərinin həlli ilə bağlı mühüm məsələlərə dair qərarların qəbulunda onun verdiyi təkliflər əsas yerlərdən birini tutmağa başladı.
Əmək, sosial, iqtisadi məsələlər barəsində qanunvericilik aktlarının hazırlanmasında yaxından iştirak edən AHİK-in Əmək Məcəlləsinə 120-dən çox təklifi nəzərə alınıb, 50-dək normativ hüquqi aktın hazırlanmasında və ekspertizasında yaxından iştirak edib.
Azərbaycan Respublikasının Prezidenti cənab İlham Əliyev daim AHİK-in fəaliyyəti ilə maraqlanır, qurultaylarına təbrik məktubları göndərir, qiymətli tövsiyələrini verir, həmkarlar ittifaqları xadimlərini və fəallarını dövlət təltifləri ilə mükafatlandırır, insanların iqtisadi və sosial mənafelərinin, əmək hüquqlarının qorunması sahəsində həmkarlar ittifaqlarının rolunu yüksək qiymətləndirir.
Bu gün Azərbaycan Həmkarlar İttifaqları Konfederasiyası 16 mindən çox həmkarlar ittifaqı təşkilatı və 1 milyondan artıq ittifaq üzvü olmaqla Naxçıvan Muxtar Respublikasının və 27 Sahə həmkarlar ittifaqı birliklərini özündə birləşdirir və onların əmək, sosial-iqtisadi hüquq və mənafelərinin təmsil və müdafiə edir.
1992-ci ildən Beynəlxalq Əmək Təşkilatının, 1994-cü ildən Ümum Həmkarlar İttifaqları Konfederasiyasının, 2001-ci ildən Beynəlxalq Həmkarlar İttifaqları Konfederasiyasının, 2007-ci ildən Pan Avropa Regional Şurasının, 2023-cü ildən Türk Dövlətləri Həmkarlar İttifaqları Təşkilatının üzvüdür. AHİK-in 70-ə yaxın ölkənin həmkarlar ittifaqı mərkəzləri ilə ikitərəfli dostluq əlaqələri mövcuddur.